両足院は、建仁寺の開山・明庵栄西(みんなんようさい)禅師の法脈・黄龍派(おうりょうは)を受け継ぐ龍山徳見(りゅうざんとっけん)禅師を開山とする臨済宗建仁寺派の塔頭寺院です。

現在の両足院は、開山当時「知足院」と号していました。知足院は、龍山徳見禅師の遺骨が知足院に葬られてからは、徳見禅師の法脈を継ぐ当院3世文林寿郁(ぶんりんじゅいく)の両足 院・一庵一麟(いちあんいちりん)の霊泉院などの黄龍派寺院の本院でした。

創建された当時の両足院は、知足院の別院、または徒弟院（つちえん）として建仁寺開山堂・護国院の中にありましたが、天文年間の火災の後、「知足院・両足院」両院を併せて「両足院」と称する事となり現在に至ります。

改称に関しては、諸説ありますが、一説として、時の天皇・後奈良天皇の諱名｢知仁｣に触れた事が原因とされています。 以後両足院は、安土・桃山から江戸時代の8世利峰東鋭の代までは主に、饅頭の祖である林浄因の子孫によって、霊泉院は龍山和尚の生家・千葉氏出身の禅僧たちによって、護持されます。なお、霊泉院は、現在は霊源院と改められて今も存続します。

また江戸初期までは、知足院と霊泉院が輪番で建仁寺開山堂・護国院を守塔していたこともあり、建仁寺開山明庵栄西禅師の直系黄龍派の中心寺院であったことがわかります。

また、両足院は、室町時代中期まで霊源院と共に、「五山文学」の最高峰の寺院でありました。江戸時代に入っても10世雲外東竺など当院の住持が、五山の中で学徳抜群の高僧に与えられ最高の名誉とされる「碩学禄」を授与されたこともあり、当院は、「建仁寺の学問面」の中核を担いました。

さらに、知足院創建時より明治初期にかけて、歴代住持から数多くの建仁寺住持を輩出し、明治時代の新制度による建仁寺派の初代管長を、当院15世荊叟和尚が務めているなど、建仁寺にとって重要な僧侶を擁する寺院という性格も持ち合わせました。

また、上記の東竺・荊叟両和尚に加え、13世高峰東晙と14世嗣堂東緝は天正8年(1537)に始められ幕末まで続く以酊菴に輪住しました。以酊庵とは、長崎の対馬にあった寺院の名前で、朝鮮との通交の役割をしていました。

輪住する和尚は、2年の任期で、五山の中から碩徳のある代表的和尚が勤めており、外交文書の交信、朝鮮通信使の応接などが任務であり、この任を果たすことは、一代の栄誉でありました。

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